通常版は黒をバックにボーンマークのみという異色のパッケージ。
他機種やベスト版では集合イラストに差し替えられ、手に取りやすくなった。
コブンの絵も通常版が3人なのに対し、ベスト版は下のほうに2人描き加えられて5人になっている。
トロコブのプチコブンフィギュアプレゼントキャンペーンでは、このコブンの人数を答えれば
当選確率が2倍になるというクイズも出題されていたが、通常版・ベスト版ではこのように数が違い、
どちらの数字を答えても正解とされた。
他機種版とは違い、なぜか黄色をパッケージのイメージカラーとして用いている。
振動パックに対応しているがPS版とは振動のしかたが微妙に違う。
CD-ROMに比べると容量の小さいカセットだが、セリフは全部入っている。
・カプコン社名ロゴ
ムービーではなく、黒いバックにロゴが表示されるだけになった。
・森下玲可の歌う挿入歌「another sun」、エンディングテーマ「あなたの風が吹くから」が収録されていない
セリフでカセット容量を使い切ったためにカットされたと思われる。
・アップル商店街のCD屋で曲の試聴ができない
理由は上と同じ。歌以外は聴けてもいいんじゃないかと思うのだが…
・同時に表示されるオブジェクトの数が少ない
他機種版に比べ描画領域が狭く、遠距離を隠すための霧（？）がかなり近くまできている。
N64の底力はこんなものではないと思うのだが…
・オープニングデモのテロップ
他機種版と異なり、黒く縁取りされているため読みやすい。
・レイクサイドパークのBGMのテンポが遅い
なぜこうなるのか全く不明。
・オロナミンCの名前がただのドリンクに
「元気ハツラツ！」も「う、うまい！」になってしまった。
・バグ報告
これまでのプレイで一度だけ確認したものだが、面白かったので紹介。
地下遺跡に登場するハンムルドールの発射した腕が壁に突き刺さり、抜けなくなってしまったというもの。
しかし、ヤツは腕がない状態でも叩きつけ攻撃をしかけてきたのだ。恐るべし。
・タイトル画面の難易度選択
PS版では一度ゲームを始めてからタイトル画面に戻ってこないと難易度が変更できなかったため、その不備を改修した。
・YAGの建物が存在しない
跡地に残された女の子のセリフは「病院は白い建物よ」。
ちなみに女の子の服についていたYAGのマークもさっぱりと消えうせている。
・コブンの口の色が赤い
PS版では黒だった。不自然ということで改修されたらしい。
・スタッフロール
先述の理由で「あなたの風が吹くから」は流れず、なぜか病院やテレビ局で聴けるBGMが使われている。
それでも無音よりはマシだが、かなり寂しい。
また「<64 STAFF>」、つまりN64への移植に携わったスタッフのリストが追加された。
このスタッフはニューロン・エイジという下請け会社のメンバー。
・データのバックアップはソフト自身
カセットの内蔵電池に寿命がこない限りセーブが可能で、セーブに要する時間もPS版よりだいぶ短く快適。
そのため他機種版のようなバックアップ領域の増設や交換はできず、セーブ可能なファイル数は5つに固定される。
通常版は正式には「GREATシリーズ」だが、表記があまりにも小さいので当サイトでは通常版とする。
いずれもパッケージの大きさが異なるのがおもしろい。
ただし、ULTRAシリーズ版は通常版から外箱を廃して帯をつけただけのもので、
ジャケットの背にGREATシリーズのロゴが残ってしまっている。
ULTRAシリーズ版は全機種全バージョンを通じて、唯一コブンの集団が裏面に描かれていない。
前述のとおり通常版のケースも同仕様なのだが、ご覧のとおり、外箱にはちゃんと描いてある。
通常版の中身とULTRAシリーズ版の違いは、付属するメディアカイトのカタログと帯のみである。
遊々シリーズ版の説明書は1枚の紙に印刷された粗末なもので、インストール方法など、
パソコンゲームとして必要最低限のことしか載っていない。
OSの表記が「Windows」になっている。
・BGMは録音
PS版とN64版のいったいどちらから録音したかは分からないが、
wav形式としてBGMのほぼ全曲がディスクに入っており、パソコン上で自由に聴くことができる。
ただし録音に実機を使わなかったのか音に響きがなく、
歌は別の形式で収録されているらしくこの方法では聴けない。
また録音の長さが短く、30秒ぐらいで曲が一周してしまうので落ちつかない。
しかも同じBGMが流れるマップどうしでも出入りするたびに曲がリロードされる。
また、なぜか同じ曲（ミニゲーム成功時＆失敗時の曲など）がいくつも入っている。
・イラストギャラリーの存在
パソコンにディスクを入れて中身をのぞくと見つかる。
すべてビットマップ形式でサイズが大きいため非常に重く、描き下ろしも一切ない。
しかも壁紙に使えそうなものがないのが残念。
・YAGのそばにいる女の子のセリフ
PS版では本当に代々木アニメーション学院につながる電話番号を教えてくれたが、なぜかWin版では教えてもらえない。
その代わり（？）学校名を堂々と出している。
・バグが多い
症状は様々だが、PCのスペックにある程度依存しているらしく、必ずしも起きるとは限らない。
サポートカーがいつまでたっても柵に体当たりしなかったり、エンディングデモが途中で切れるなど、
デバッグを行なったかどうか疑いたくなるような現象が盛りだくさん。
カプコレ版は周囲がパッケージイラストをモノクロ処理したものになっている。
UMDのレーベルは品番とJASRACの許諾番号以外、まったく同一の仕様である。
解説書は「ごあいさつ」とPSPシステムアップデートについての掲載ページが逆になっている。
・カプコン社名ロゴ
ムービーではなく、白いバックにロゴが表示されるだけになった。
これはDASH2と同じである。
・画面サイズが変えられる
デフォルト設定の画面ではPSPの横長いディスプレイいっぱいに表示している。
設定を変えると、この両側の部分を削って他機種版と同じ縦横比率にすることができる。
ただしフィールドやキャラは画面サイズを変えても横長くならない。
つまり純粋に視界が横に広いため、デフォルト画面は多少戦いに有利なのだ。
・字幕
ムービーシーンで字幕が出るようになり、聞き取りづらかった一部のセリフの内容もこれではっきりした。
ただしこの字幕、追加したのはいいが消したくても消せないのが残念。
・オートロックオン機能
何も操作しなくても、敵が近づくと自動的にロックオンする機能が追加された。
敵を無視して強行突破したいときはオフにしておく必要がある。
・コブンの口の色が赤い
N64版と同様。
・CD屋で聴ける曲について
実際のCD発売から時間がたったせいか「another sun」がフルサイズになっているほか、
「フュージョンのCD」では他機種版で聴けない部分が収録されている。
・その他、各種の変更
名前を当たり障りのないものに変更されたアイテムがある。
・オロナミンC→ジュース
・エロ本→マンガ
また、YAGの電話番号もやはり聞くことができないようになっている。
